自小笠原归来已近一年。
初夏时分。
成为了高三学生的爱内周太，漫不经心地凝望着季节的变换，
无忧无虑的同学们，和平的日常，
没能归来的恋人，有村罗弥。
他只是茫然地注视着这一切，然后一直等待着。
就在这时他收到了彗星机构的头领“巫女”的来信。
于是他和伙伴们再次被卷入到关乎世界和彗星的阴谋之中。
最后的夏天即将开始。
小笠原から帰還して１年近くがたった。
夏のはじまり。
学園３年生になった 愛内周太 あいうちしゅうた は、まんぜんと季節の移り変わりを眺めていた。
のんきなクラスメート達。平和な毎日。
帰らない恋人、 「有村 ありむら ロミ」。
すべてを、ただぼんやりと眺め、待ち続けていた。
そんな彼のもとに、彗星機構のリーダーである「ミコ」からの手紙が届く。
再び彼とその仲間達は、世界は、彗星にまつわる野望の中に取り込まれていく。
最後の夏が始まろうとしていた。
