距离《SHUFFLE!》最初发生的事件已经过去了很长时间。
世界曾经数度在毁灭边缘颤抖，一场灾难威胁着撕裂整个存在的根基。然而，平衡最终得以恢复。随着时间流逝，人们也继续向前，将那场灾难的记忆 relegated to the annals of history。
又一个初夏的黎明，我们将视线转向新的主人公——相生莱斗。莱斗与表亲安场琥珀共同生活，两人的日子充满了普通生活的宁静。然而，这份平静突然被打破了：两位公主——神族的莉希娅与魔族的妮莉娅——闯入了莱斗的生活。两人都入读了莱斗所在的同一所学校——Verbena国立学院。
莉希娅大胆宣告了自己的目的：“我即将斩断神与人之间的联系。”而另一方面，妮莉娅则露出冷笑，发出了令人不寒而栗的威胁：“我是来取你性命的。”
经历这一连串的剧变后，莱斗如今被称为“同时遭到神与魔盯上的男人”。
偶然结识的莉姆丝突然出现，并决定搬进莱斗的家中，使他的生活变得更加复杂。此外，仰慕琥珀的学妹木下绮罗，也成为这段日益热闹的关系中的一员。
莱斗曾经平凡的生活，如今已变成一场令人兴奋的事件漩涡。在与这些女孩相处的过程中，他逐渐揭开了她们一直深藏于心中的秘密。
