失去了一切、最终漂流至自由之街“埃留特里亚（Eleuteria）”的主人公——久阪雪光，与一位怀揣着“复兴美式餐厅（Diner）”梦想的少女相遇，并最终结为了连理。
在与伙伴们一同克服了无数重重困难后，DD美式餐厅成功复兴，至今已过去了一年。
如今，命运的齿轮再度开始转动。
雪光在执行“乌拉加（Uraga）机关”的任务期间，与曾有过交集的双胞胎姐妹再度重逢。
“难不成……你们是默克（Melk）和巴尔塔（Barta）……！？”
“我一直深信着绝对能与您重逢。看到您安然无恙，真的太好了……！”
当初在执行那次任务的过程中，雪光曾与默克立下过婚约。
然而，那段约定最终却未能实现。
“过去的事就让它随风而去吧，从今往后，让我们再次共度相同的时光。”
“啊——抱歉，事情恐怕不能变成那样……”
过去的旧爱“默克”，与如今的现任恋人“尤妮佳（Unika）”。
被夹在两个女人之间的雪光，究竟会做出怎样的决断？
与此同时，一道不祥的阴影正悄然向雪光等人逼近。
那是将“DD-mod持有者”视为“人类之敌”并企图将其赶尽杀绝的组织——“白羊教圣教会”。
他们已经盯上了第五真祖阿丽丝（Alice），以及站在其背后的尤妮佳与雪光。
“那些家伙是邪教徒。必须将怪物（Freaks）狩猎殆尽。”
而被下达这一残酷命令的，偏偏正是身为白羊教圣教会修女的默克与巴尔塔——
——愿寄宿于神之子体内的灵魂获得伟大的救赎，愿诞生于邪恶的怪物（Freaks）为灵魂彻底赎罪。
愿灰归于灰，土归于土，阿门——。
