时之台学园——这是一所创立于明治时代、至今仍保留着少人数全封闭式博雅教育（Liberal Arts）传统的名门升学学校。
主人公进藤智刚刚考入这里，原本是个过着普通校园生活的平凡少年。
然而，智的身上隐藏着一个秘密。
他拥有一块从祖母那里继承而来的、具有操控时间力量的神秘怀表。
智利用这块表的力量，享受着既快乐又高效的学校生活。
直到某一天，智意外发现学园里流传的“校园七不可思议”与这块表之间存在着某种联系。
对应着七不可思议的七块表——如果能集齐它们，或许就能获得各种各样操控时间的新能力。
被勾起好奇心的智，开始在放课后探索据说是七不可思议诞生之地的旧校舍。
在探索的过程中，他结识了一群如果在过去一成不变的日常中绝不会产生交集的少女们：其中既有和智一样拥有表的人，也有从数代前的毕业生那里继承了调查七不可思议传统的“新闻部”成员。
通过与同伴们的携手探险，智一行人终于查明了其中一个不可思议的真相。
那是一个既非过去、亦非现在与未来的时间静止的空间——在那里，一名身穿和服的少女正陷入永恒的沉睡。
原来，这名少女原本拥有操控时间的力量，但她将自己的力量分割成七份并封印在了七块表里，从而失去了力量。
由于智所拥有的表之力量（时间跳跃/Time Leap），少女不小心在现代苏醒了过来，并且似乎再也无法回到原本的时代……。
在得知“只要集齐所有的表、找回原有的力量，少女就能重返过去的时代”后，智与少女们正式向七不可思议的谜团发起了挑战。
